Nhiều chuyên gia cho rằng, với phương án làm cống gom nước thải, nước bổ cập cho sông Tô Lịch sẽ bị hạn chế đi. Từ đó, không tạo ra dòng chảy, làm giảm khả năng đào thải của con sông.
Song song với việc thực hiện đường cống ngầm, dự án nhà máy xử lý nước thải Yên Xá thì UBND TP. Hà Nội cũng cần phải tính toán lượng nước sau xử lý sẽ phải bổ cập lại cho sông Tô Lịch như thế nào.